La limpieza es esencial para prevenir la acumulación microbiológica en los equipos de procesado de alimentos. Toda buena actividad de limpieza en la industria alimentaria, ya sean procesos CIP (clean in place) o COP (clean out of place), implica cuatro aspectos principales: tiempo, acción mecánica, acción química y temperatura.

El uso del peróxido de hidrógeno (H2O2) como biocida está muy extendido y se aplica cada vez más como desinfectante general de superficies en el sector médico, alimentario e industrial, así como para el tratamiento del agua. Formulado en combinación con plata (Ag+) su poder de desinfección aumenta significativamente. Investigadores italianos han estudiado durante dos años su capacidad para controlar la Legionella en las complejas instalaciones de un hospital.

Los envases alimentarios activos están cambiando la conservación de la vida útil, las propiedades organolépticas y la seguridad microbiológica de los alimentos.  Un nuevo aditivo para polímeros de contacto alimentario desarrollado en el CSIC tiene actividad antimicrobiana probada frente a Listeria monocytogenes y otras bacterias con impacto en la seguridad alimentaria, como Campilobacter jejuni y Escherichia coli.

En las operaciones de postcosecha y procesamiento de frutas y verduras frescas existe un riesgo de contaminación microbiológica o química. Para controlar la primera, es habitual utilizar desinfectantes en el agua de procesado, como el cloro.  Sin embargo, esto puede originar la contaminación química del agua con subproductos de la desinfección, como trihalometanos y clorato, que pueden ser absorvidos por los alimentos.