En el tratamiento del agua potable, los procesos físico químicos y la desinfección con cloro a veces no consiguen eliminar los ooquistes/quistes de Cryptosporidium y Giardia, respectivamente, y otras células de protozoos patógenos. En la eliminación de protozoos el tratamiento con radiación UV ha demostrado ser más efectivo que el cloro y, según un estudio realizado en Valencia, debería ser un paso necesario en el proceso de tratamiento del agua.

La presencia de parásitos protozoarios, como Cryptosporidium y Giardia, en el agua potable puede ser origen de grandes brotes diarreicos entre la población. Por su gran resistencia a la desinfección química, las plantas de tratamiento del agua no siempre consiguen eliminar sus estados vegetativos, quistes y ooquistes, por completo. La correcta monitorización de su presencia es importante para proteger la salud pública.